Facturación electrónica para profesionales de la salud
Alira habilita tu consultorio ante la DIAN, emite la factura electrónica sola cuando el pago queda aprobado y agrupa en una factura mensual las consultas de una prepagada o una póliza. Todo conectado a la consulta que ya documentaste, para que la factura y sus RIPS nunca cuenten historias distintas.
- Asistente guiado de habilitación ante la DIAN, sin comprar tu propio certificado
- Factura automática al aprobarse el pago del paciente, con su número en Mis ingresos
- Facturación mensual a prepagadas y pólizas, con contrato de adscripción y CUCON
Sin tarjeta de crédito · Sin compromisos · Cancela cuando quieras
Facturar en salud no es facturar como cualquier otro servicio
En 2026 la factura electrónica de venta es obligatoria para los prestadores de servicios de salud, incluido el profesional independiente que factura como persona natural. No hay grupos ni transiciones pendientes: si prestas un servicio de salud y cobras por él, te aplica.
Lo que hace distinta a la salud es que la factura no viaja sola. Viaja acompañada de los RIPS, y ambos se validan juntos: es el llamado modelo FEV-RIPS. Tu factura electrónica se valida ante la DIAN; los RIPS de esas mismas atenciones se validan en el MUV del Ministerio y devuelven un CUV. Sin CUV, tu factura se queda sin el soporte que el sector exige.
Desde el 1 de junio de 2026, con la Resolución 948 de 2026, muchas reglas de validación del RIPS pasaron a modo rechazo. Eso convirtió un error de codificación en un problema de flujo de caja: si el reporte falla, no hay CUV; y sin CUV, el cobro se traba. Facturar bien en salud hoy depende de que los RIPS pasen limpios.
Y hay una capa más: para el independiente, la facturación está repartida entre trámites que nadie le explicó en la carrera. Habilitarse en Muisca, conseguir una resolución de numeración con su clave técnica, entender qué es un proveedor tecnológico, registrar un contrato de adscripción en el SIIFA para poder facturarle a una prepagada. Cada uno vive en un portal distinto.
Habilitarte ante la DIAN, paso a paso dentro de Alira
Un asistente guiado que valida cada dato antes de dejarte continuar, y que te dice cuál falta cuando falta. Solo lo ve el dueño del consultorio.
- 1
Datos fiscales del emisor
Tipo de organización, identificación, régimen fiscal y responsabilidad tributaria. Deben coincidir exactamente con tu RUT: es el punto donde más se traba una habilitación, porque un régimen mal declarado se arrastra hasta el rechazo de la primera factura.
- 2
Creación del emisor
Alira crea tu emisor con su proveedor tecnológico autorizado, Soluciones Alegra S.A.S. No tienes que comprar tu propio certificado digital ni contratar un proveedor por tu cuenta: ese es exactamente el paso que detiene a la mayoría de los independientes.
- 3
Habilitación ante la DIAN en Muisca
En el portal Muisca asocias al proveedor tecnológico a tu cuenta. Alira envía por ti las facturas de prueba que la DIAN exige para habilitarte, que es la parte técnica del trámite.
- 4
Resolución de numeración
Transcribes los datos de tu resolución DIAN —número, prefijo, rango y clave técnica— tal como aparecen en Muisca. Es lo que define con qué numeración salen tus facturas y hasta dónde llega.
- 5
Activar
Pulsas activar facturación electrónica y tu consultorio queda habilitado para emitir. Desde ahí, cada consulta con pago aprobado genera su factura automáticamente: no hay que emitirla a mano.
Cobrar, facturar y ver el dinero
Tres cosas distintas que se suelen confundir. En Alira están separadas a propósito, y conectadas donde tiene sentido.
Configurar cómo recibes el dinero
Registras tu cuenta bancaria —banco, tipo de cuenta, número, titular y documento— y tu tarifa de consulta, que es el monto sugerido cada vez que cobras. Alira verifica los datos y la cuenta pasa a activa. Esto es dónde recibes el dinero, y no tiene nada que ver con la factura que se le emite al paciente: son dos configuraciones separadas.
Cobrar con link de pago o en el consultorio
Generas y envías al paciente un link de pago por correo; él paga en línea y el cobro queda registrado solo. Si paga en efectivo o por otro medio en tu consultorio, lo registras con un clic. Las dos rutas alimentan el mismo registro de ingresos.
La factura se emite sola
Con la facturación electrónica activa, la factura se emite automáticamente cuando el pago queda aprobado. No hay un paso manual al final del día ni una lista de facturas pendientes que alguien tenga que recordar.
Mis ingresos
El total cobrado del periodo y la tabla de consultas cobradas con el estado de cada una: pagado, pendiente, rechazado o fallido, reembolsado o anulado. Si tienes facturación electrónica activa, cada fila muestra además su número de factura. Cada profesional ve sus propios ingresos; el dueño ve los del consultorio; los asistentes no acceden a esta sección.
Facturar a una medicina prepagada o a una póliza
Si estás adscrito a una prepagada o a una póliza no le cobras a cada paciente: le facturas mensualmente a la entidad, agrupando el periodo en una sola factura al NIT del pagador.
Registras el pagador una sola vez. Razón social y NIT de la entidad. Para poder emitir la factura electrónica, la entidad debe tener registrado su contrato de adscripción y el CUCON: le pides a la entidad que cargue tu contrato en el SIIFA, lo validas en el portal del SIIFA con tu usuario SISPRO institucional y registras en Alira el número de contrato y el CUCON que te entreguen. Si falta alguno, puedes armar el borrador pero no emitir, y Alira te avisa cuál falta.
Asocias cada consulta al pagador. Al documentar, eliges la entidad y confirmas el valor a cargo del pagador, que se autocompleta con la tarifa que registraste. Si el pagador exige número de autorización, lo registras ahí mismo. Solo las consultas firmadas entran a la facturación.
Creas la factura del mes. Eliges el pagador y el periodo —por defecto, el mes anterior completo— y ves las consultas sin facturar. Ajustas la selección con las casillas, que vienen todas marcadas, y creas un borrador. El borrador todavía no es un documento oficial: se puede revisar antes de comprometerlo.
Emites y sigues el cobro. Al emitir, Alira genera un único documento electrónico ante la DIAN por el total del periodo, y consume un documento de tu cupo. Una factura emitida no se elimina. El estado pasa por procesando y luego aceptada o rechazada; si sale rechazada, corriges y reintentas. Cuando queda aceptada, registras el cobro según lo que observes ante la entidad: radicada, pagada o glosada, con su fecha, su monto o el motivo. Es un registro de seguimiento tuyo, no cambia el documento electrónico.
Una aclaración honesta, porque prometerlo sería mentir: la facturación a EPS por cuentas médicas —con radicación y glosas de plazos regulados— no está soportada. Esta pantalla es para prepagadas, pólizas y particulares.
La factura, los RIPS y los documentos que le entregas al paciente
Cada consulta sigue generando su RIPS de forma independiente de la factura al pagador. Son procesos separados que se encuentran al final: cuando el RIPS de la atención se valida en el MUV, obtiene su CUV, y eso es lo que consultas en la pantalla de RIPS. La factura al pagador cubre el dinero; el RIPS cubre el reporte de qué atendiste.
Y conviene no confundir dos cosas que en salud se llaman parecido. Un documento emitido —una prescripción, una orden médica, un certificado, una incapacidad— es un documento clínico que tú firmas y le entregas al paciente: queda numerado al emitirse, ya no se edita, y si te equivocaste se anula con un motivo (queda marcado, no se borra) y emites uno nuevo. Una factura electrónica es un documento tributario que se valida ante la DIAN. Alira maneja los dos, pero no son lo mismo ni consumen el mismo cupo.
El semáforo de Cumplimiento vigila la parte que se rompe en silencio: tiene un área dedicada a las facturas que la DIAN rechazó y no se reintentaron, junto a las de RDA/IHCE, RIPS, firma de consultas y consentimientos. Es la diferencia entre enterarte hoy y enterarte cuando el pagador te llame.
Qué cuesta facturar desde Alira
El plan Esencial no incluye facturación electrónica, pero la activas como complemento por $35.000 al mes más IVA: activa la emisión de facturas electrónicas (incluye onboarding ante la DIAN) y 50 documentos al mes. Documentos adicionales por recarga.
El plan Profesional incluye 100 documentos de facturación electrónica al mes y el plan Clínica 300. Si se agota el cupo, recargas saldo prepago —100 documentos por $20.000 o 300 documentos por $54.000, netos— y ese saldo no vence: el cupo mensual del plan se renueva cada ciclo y se consume primero.
Si ya facturas en otra plataforma y no quieres mover nada, también puedes elegir el modo “facturo por fuera de Alira”: la plataforma genera solo el RIPS y tú emites la factura donde ya la emites.
La normativa y los trámites que hay detrás
Facturación electrónica en salud
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Antes de facturar servicios de salud hay que estar habilitado como prestador. El trámite explicado para el profesional independiente.
Cómo inscribirse en REPS profesional independiente
La factura no se arregla facturando mejor: se arregla documentando mejor
Si el diagnóstico, el procedimiento y los datos del paciente nacen codificados en la consulta, el RIPS pasa limpio y la factura tiene soporte. Ese es el orden correcto, y por eso la facturación de Alira vive pegada a la historia clínica y no en un módulo aparte.
Ver cómo Alira genera los RIPSPreguntas frecuentes
- ¿Tengo que facturar electrónicamente si soy persona natural y atiendo particulares?
- Sí. La factura electrónica de venta es obligatoria para los prestadores de servicios de salud, incluidos los profesionales independientes que facturan como personas naturales, y sus RIPS como soporte aplican también a la atención particular. Lo que cambia frente a facturarle a un pagador es que no hay una EPS ni una prepagada rechazándote el cobro por un reporte mal armado, pero la obligación de facturar y reportar sigue vigente.
- ¿Necesito comprar un certificado digital o contratar un proveedor tecnológico?
- No. Alira crea tu emisor con su proveedor tecnológico autorizado, Soluciones Alegra S.A.S, y envía por ti las facturas de prueba que la DIAN exige durante la habilitación. Lo único que haces en el portal Muisca es asociar al proveedor y obtener tu resolución de numeración, cuyos datos —número, prefijo, rango y clave técnica— transcribes en el asistente.
- ¿La factura se emite sola o tengo que emitirla al final del día?
- Para el cobro al paciente, sola: con la facturación electrónica activa, cada consulta con pago aprobado genera su factura automáticamente y el número aparece en Mis ingresos junto al estado del cobro. Para los pagadores es distinto a propósito: creas un borrador con las consultas del periodo, lo revisas y lo emites tú, porque agrupa un mes entero en un solo documento y una factura emitida ya no se puede eliminar.
- ¿Puedo facturarle a una medicina prepagada o a una póliza desde Alira?
- Sí, a prepagadas, pólizas y particulares. Registras la entidad con su razón social y NIT, y para poder emitir necesitas su contrato de adscripción registrado y el CUCON, que obtienes validando el contrato en el SIIFA con tu usuario SISPRO institucional. Después asocias cada consulta al pagador con su valor y, si aplica, su número de autorización, y creas la factura mensual. La facturación a EPS por cuentas médicas, con radicación y glosas de plazos regulados, no está soportada.
- ¿Qué pasa si la DIAN rechaza una factura?
- El documento queda en estado rechazada y puedes corregir y reintentar desde la misma lista de facturas. Además, la pantalla de Cumplimiento tiene un área dedicada exactamente a eso: las facturas que la DIAN rechazó y no se reintentaron, para que un rechazo no se quede esperando a que alguien lo note.
- ¿La facturación electrónica está incluida en todos los planes?
- No en todos, y los cupos son distintos. El plan Esencial no la trae pero se activa como complemento, que incluye el acompañamiento en la habilitación ante la DIAN y un cupo de documentos al mes. Los planes Profesional y Clínica ya la incluyen con cupos mayores. Si agotas el cupo del mes, recargas saldo prepago de documentos y ese saldo no vence. El detalle de cada cupo y de cada precio está en la página de precios.
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