Cómo facturar en salud siendo independiente

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Facturar como profesional de salud independiente en Colombia tiene reglas propias del sector que no aplican a otros negocios. Aquí, el panorama completo: desde cuándo estás obligado, qué necesitas, en qué orden y qué cambió para 2026.

Facturar en salud no es como facturar cualquier servicio

Un profesional de salud independiente no factura como un freelancer cualquiera: en salud, la factura electrónica de venta (FEV) viaja acompañada de los RIPS, y ambos se validan — primero la factura ante la DIAN, después los RIPS ante el Ministerio. Es el llamado modelo FEV-RIPS. Por eso, antes de emitir tu primera factura, hay unos pasos que ordenar.

Primero lo primero: ¿estás obligado a facturar?

Esta es la pregunta que casi nadie responde bien, y la respuesta tiene un umbral concreto.

El artículo 7, numeral 3 de la Resolución 165 de 2023 de la DIAN incluye entre los obligados a expedir factura a "todas las personas o entidades que tengan la calidad de comerciantes, ejerzan profesiones liberales o presten servicios inherentes a estas […] independientemente de su calidad de contribuyentes o no contribuyentes", con las excepciones que la misma norma señala.

Y el artículo 8, numeral 7 trae la excepción que importa en salud. No están obligadas a facturar:

"Las personas naturales que únicamente vendan bienes excluidos o presten servicios no gravados con el Impuesto sobre las Ventas (IVA), que hubieren obtenido ingresos brutos totales provenientes de estas actividades en el año anterior o en el año en curso, inferiores a tres mil quinientas (3.500) Unidades de Valor Tributario (UVT)."

Los servicios de salud humana están excluidos de IVA (art. 476, numeral 1 del Estatuto Tributario). Así que la regla, para un profesional de salud independiente persona natural, queda así:

Tu situación ¿Obligado a facturar electrónicamente?
Prestas únicamente servicios excluidos de IVA e ingresos brutos por ellos inferiores a 3.500 UVT en el año anterior y en el año en curso No, por el art. 8 num. 7
Ingresos brutos iguales o superiores a 3.500 UVT Sí, por el art. 7 num. 3
Estás en el régimen SIMPLE Sí, por el art. 7 num. 6
No estás obligado, pero decides facturar igual Sí: quedas obligado

Ojo con la palabra únicamente: la excepción es para quien solo presta servicios excluidos. Si además facturas algo gravado —una cirugía estética que no sea reparadora ni funcional, venta de productos, alquiler del consultorio—, dejas de encajar en el numeral 7 y pasas a las condiciones generales del artículo 437 del Estatuto Tributario o a la obligación plena.

Ese último caso es una trampa real. El parágrafo 1 del artículo 8 lo dice sin ambigüedad: quienes no estando obligados "opten por expedir factura de venta y/o documento equivalente […] se consideran para efectos tributarios obligados a facturar". Emitir "una facturita" porque un paciente la pidió te mete en el régimen completo.

El valor de la UVT lo fija la DIAN cada año. Para 2026 es de $52.374 (Resolución DIAN 000238 del 15 de diciembre de 2025), así que 3.500 UVT equivalen a $183.309.000 de ingresos brutos. Verifica la UVT del año en curso antes de hacer tus cuentas: cambia cada diciembre.

Excluido no es exento (y la diferencia cuesta plata)

Es un error caro y frecuente. Los servicios de salud humana son excluidos de IVA: no generan el impuesto y no dan derecho a IVA descontable. "Exento" es otra cosa —tarifa 0 % con derecho a descontables— y no es el caso de la salud. Si operas creyendo que estás exento, vas a intentar descontar un IVA que no puedes descontar.

Los requisitos, en orden

1. Estar inscrito y habilitado en el REPS. Es el punto de partida como prestador de servicios de salud, y además el mecanismo que valida tus RIPS comprueba tu habilitación ahí. → Ver cómo inscribirse en el REPS.

2. Actualizar el RUT y habilitarte como facturador electrónico ante la DIAN. La DIAN describe el proceso en tres pasos: elegir la solución tecnológica, habilitarte (registrar el modo de operación y superar el set de pruebas con los rangos que la entidad entrega) y facturar (registrar la fecha de inicio en producción y solicitar la autorización de numeración).

3. Elegir cómo vas a emitir. Hay tres caminos, y para un independiente la diferencia es de costo:

Camino Qué implica
Servicio gratuito de la DIAN Facturas y notas ilimitadas, e incluye el certificado de firma digital sin costo
Proveedor tecnológico autorizado Del listado que publica la DIAN; requiere certificado digital de una entidad acreditada por la ONAC
Desarrollo propio Integración directa contra los servicios de la DIAN, con la documentación técnica del micrositio

4. Tener la firma correcta. Aquí conviene no confundir dos cosas que se parecen: la firma electrónica (IFE) con la que entras a los servicios en línea de la DIAN, y la firma digital con certificado que va dentro del XML de la factura. El artículo 11, numeral 14 de la Res. 165 de 2023 exige "firma digital del facturador electrónico de acuerdo con las normas vigentes y la política de firma establecida por la […] DIAN, al momento de la generación". → Ver firma electrónica en la historia clínica para la diferencia aplicada a tus registros clínicos.

5. Un sistema que genere los RIPS que soportan esa factura.

Cómo funciona el modelo FEV-RIPS, paso a paso

Cada vez que cobras un servicio de salud:

  1. Documentas la atención en la historia clínica.
  2. Se genera la FEV y se envía a la DIAN para validación previa.
  3. Con la factura ya validada, el RIPS en JSON se valida en el MUV del Ministerio.
  4. Si pasa, obtienes el CUV (Código Único de Validación), una cadena de 96 caracteres.
  5. Radicas ante el pagador la factura, los RIPS y el CUV, sin modificar nada.

El orden no es opcional: el artículo 7 de la Resolución 948 de 2026 establece que la validación del RIPS se hace "una vez surtido el proceso de validación previa de la […] DIAN a la factura".

→ Detalle en cómo generar los RIPS paso a paso y en qué es el CUV.

El plazo que más dinero cuesta olvidar

El artículo 15 de la Resolución 948 de 2026 da 22 días hábiles desde la expedición de la factura validada por la DIAN para radicarla, con sus RIPS aprobados, ante el pagador. Y el parágrafo 1 es duro: si no radicas dentro del plazo, debes anular la factura y expedir una nueva.

Para un independiente, eso significa que dejar facturas "para después" no es un descuido administrativo: es rehacer el cobro desde cero.

Lo que cambió para 2026 (y por qué importa a tu bolsillo)

La Resolución 948 de 2026 (14 de mayo de 2026) reescribió el marco del RIPS como soporte de la FEV y derogó la 2275 de 2023. Su parágrafo transitorio fijó dos fechas: desde el 1 de junio de 2026 entraron en vigor las reglas de validación que pasaron de notificación a rechazo, y desde el 1 de julio de 2026 son exigibles los ajustes estructurales de versión de software.

Si los RIPS fallan en una regla de rechazo, no se genera el CUV. Y el artículo 3 de la misma resolución cierra la puerta: "los pagadores no podrán recibir ni tramitar facturas que carezcan del Código Único de Validación (CUV), ni podrán informar como costos de la atención con cargo a la Unidad de Pago por Capitación (UPC) aquellas facturas que no cumplan este requisito".

Para un independiente, esto significa que un error de datos no es un detalle administrativo: te frena el ingreso.

Hay una contrapartida a tu favor en el mismo artículo 7: las entidades responsables de pago "no podrán usar, ni adicionar otras reglas o establecer mecanismos alternos de validación, como condición para radicar las facturas". Si un pagador te exige requisitos inventados para recibirte la factura, esa norma es tu respaldo.

¿Y si atiendo solo particulares?

Depende del umbral, no del tipo de paciente. Si tus ingresos brutos por servicios de salud superan las 3.500 UVT, estás obligado a facturar electrónicamente aunque atiendas 100 % particular. Si están por debajo y nunca has facturado, la obligación tributaria no te aplica todavía — pero tres advertencias:

  • Si emites una factura voluntariamente, quedas obligado (art. 8, parágrafo 1).
  • Si quien te paga es una EPS, IPS o aseguradora, va a exigirte factura con sus RIPS y su CUV: es el modelo con el que el sector radica y audita.
  • Si no facturas, quien te contrata puede soportar el pago con el documento soporte en adquisiciones a no obligados a facturar, que lo genera el comprador, no tú.

Ninguna de esas tres cosas depende de tu voluntad ni de que atiendas particulares. → Más detalle en ¿es obligatorio el RIPS?.

Errores frecuentes al arrancar

  • Creer que "salud está exenta de IVA" y tratar de descontar impuestos.
  • Emitir una factura suelta sin saber que eso te vuelve obligado a facturar.
  • Habilitarse ante la DIAN y olvidar solicitar la autorización de numeración antes de facturar en producción.
  • Usar un software de facturación que no genera la extensión de sector salud en el XML: la factura sale, pero el RIPS se rechaza.
  • Confundir la firma electrónica de acceso con el certificado de firma digital de la factura.
  • Mezclar los trámites: el RUT no es requisito del REPS, y el REPS no te habilita ante la DIAN.

Cómo simplificarlo

Manejar por separado la historia clínica, la facturación, los RIPS y la validación es la receta del error — y desde 2026 un error te cuesta el cobro. Lo eficiente es que tu historia clínica conecte la atención con la generación de RIPS y su soporte de la factura. Alira genera tus RIPS listos como soporte y, al firmar cada consulta, arma tu RDA en FHIR, listo para el IHCE; el envío se activa en Alira y te acompañamos en el trámite de credenciales.

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Aviso

Esta guía es informativa y no constituye asesoría legal ni tributaria; tu situación concreta depende de tus ingresos y de tu régimen, y eso lo define tu contador. Fuentes oficiales:

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Preguntas frecuentes

¿Qué necesito para facturar como profesional de salud independiente?
Estar inscrito en el REPS, habilitarte como facturador electrónico ante la DIAN (responsabilidad en el RUT), tener un certificado de firma digital de una entidad autorizada, y un sistema que emita la factura electrónica de venta (FEV) con validación DIAN y genere los RIPS que la soportan.
¿Qué es el modelo FEV-RIPS?
En salud la factura electrónica de venta (FEV) viaja acompañada de los RIPS y ambos se validan juntos. Documentas la atención, se genera la FEV y los RIPS en JSON, los RIPS se validan en el MUV y obtienes el CUV; con el CUV la factura tiene soporte válido.
¿Debo facturar electrónicamente si atiendo solo particulares?
Depende de tus ingresos, no del tipo de paciente: la factura electrónica y sus RIPS como soporte aplican igual a la atención particular en salud. El artículo 8, numeral 7 de la Resolución DIAN 165 de 2023 exceptúa a la persona natural que solo presta servicios no gravados con IVA —como los de salud humana— y obtuvo ingresos brutos por esa actividad inferiores a 3.500 UVT en el año anterior o en el año en curso. Al llegar a ese umbral queda obligada. Y si factura voluntariamente antes, el parágrafo 1 del mismo artículo la considera obligada a facturar.
¿Los servicios de salud están exentos o excluidos de IVA?
Excluidos. El artículo 476, numeral 1 del Estatuto Tributario excluye del IVA los servicios médicos, odontológicos, hospitalarios, clínicos y de laboratorio para la salud humana. Excluido significa que no generas el impuesto y tampoco tienes derecho a IVA descontable; exento sería tarifa 0 % con derecho a descontables, y no es el caso de la salud.
¿Tengo que comprar un certificado de firma digital para facturar?
No necesariamente. La DIAN ofrece un servicio gratuito de facturación que incluye el certificado de firma digital sin costo. Si prefieres un proveedor tecnológico autorizado o un desarrollo propio, ahí sí necesitas un certificado digital de una entidad acreditada por la ONAC. No confundas ese certificado con la firma electrónica (IFE) que usas para entrar a los servicios en línea de la DIAN: son cosas distintas.

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